Cách chơi của Little Busters! chỉ đòi hỏi người chơi tương tác ở một vài đoạn, phần lớn thời gian còn lại là đọc những dòng chữ xuất hiện trên màn hình, thường mô tả đoạn đối thoại giữa các nhân vật khác nhau xen lẫn suy nghĩ nội tâm của nhân vật chính. Sau khi nắm bắt được tình huống thông qua những dòng chữ, người chơi sẽ nhìn thấy một "điểm quyết định" và có một vài lựa chọn được đưa ra buộc họ phải tương tác. Các "điểm quyết định" này thường thay đổi và xuất hiện không đều đặn, có thể cách nhau ít phút hoặc lâu hơn. Trò chơi sẽ tự động tạm dừng khi người chơi nhìn thấy những điểm này, chờ cho đến khi người chơi đưa ra quyết định, sau đó cốt truyện sẽ tiến triển theo một hướng nhất định.

Trong phiên bản gốc, có sáu mạch truyện chính để người chơi trải nghiệm, mỗi mạch truyện tập trung vào câu chuyện của một nhân vật nữ[1]. Sau đó đã tăng lên thành chín mạch truyện trong phiên bản Little Busters! Ecstasy do hai trong số các nhân vật phụ trở thành nhân vật nữ chính cùng với sự xuất hiện của một nhân vật nữ khác. Người chơi sẽ phải chơi lại nhiều lần, mỗi lần lại chọn những hướng khác nhau để đạt được những kết thúc tương ứng, từ đó mới nắm bắt được nội dung của toàn bộ visual novel. Mỗi khi kịch bản của một nhân vật kết thúc, các lựa chọn cho cốt truyện của nhân vật đó sẽ không thể tiếp tục trong lần chơi tiếp theo bởi vì sự chọn lựa đó sẽ dẫn đến một kết thúc mà hiện tại người chơi chưa thể đạt đến[1]. Sau khi tất cả các cốt truyện đã được hoàn tất, một kịch bản gọi là Refrain sẽ xuất hiện, nó trả lời mọi thắc mắc cho các câu hỏi xuất hiện trong những kịch bản bình thường[1]. Hoàn thành cốt truyện cuối cùng đó cũng sẽ giúp mở ra các chi tiết trong cốt truyện của các nhân vật nữ chính, giúp người chơi đạt đến những kết thúc chưa thực hiện được lúc đầu, người chơi có thể chơi lại các cốt truyện này nếu họ muốn, khi đó họ có thể chọn các "điểm quyết định" mà ban đầu không thể chọn.[1]

Các thành viên trong nhóm Little Busters luôn phải chiến đấu trực diện với một hoặc nhiều đối thủ. Có rất nhiều cảnh đối kháng nhưng không cần đến sự tương tác nhanh nhẹn của người chơi[1]. Mỗi nhân vật có cách chiến đầu riêng tùy vào thông số của nhân vật (gồm sức mạnh, sức chịu đựng, sự nhanh nhẹn, phản xạ, tập trung, quyết đoán và may mắn), thanh máu của nhân vật sẽ thể hiện nhân vật còn có thể chịu được việc bị tấn công bao lâu nữa[1]. Số lượng máu của nhân vật sẽ tùy thuộc vào sức chịu đựng. Các vật dụng hỗ trợ có thể sử dụng cho bất kỳ loại vũ khí nào đang được sử dụng[1]. Sẽ có thêm nhiều "nhiệm vụ" phụ cho các thành viên của Little Busters để có thể đạt đến mục đích nào đó tùy thuộc vào việc lựa chọn người chơi, bất kể là thành công hay thất bại. Các nhiệm vụ này thường là chiến đấu, nó giúp cho nhân vật tích lũy kinh nghiệm thu nhặt đồ vật hay cải thiện các thông số của mình[1]. Tuy nhiên các nhiệm vụ này không làm ảnh hưởng đến cốt truyện chính, người chơi có thể lựa chọn lược bỏ các sự kiện như chiến đấu hay luyện tập và tập trung vào cốt truyện chính.[1]

Khi mới bắt đầu trò chơi, nhân vật Rin có thông số rất yếu, nhưng sau khi người chơi hoàn tất vài cốt truyện thì Rin và Riki sẽ có thông số mạnh hơn so với lúc bắt đầu trò chơi mới, thậm chí Rin và Riki có thể đánh bại được các đối thủ mạnh trước đây xuất hiện ở phần đầu mà họ không thể đánh bại. Trong suốt visual novel, người chơi sẽ đưa ra các lựa chọn trực tiếp cho Riki thông qua các "điểm quyết định" để giải quyết các vấn đề mà các nhân vật nữ chính gặp phải, ngoại trừ Rin.

Cho dù phiên bản đầu tiên được xếp loại là dành cho mọi lứa tuổi, vẫn có nhiều hình ảnh nghệ thuật CG trong visual novel thể hiện cảnh các nhân vật nữ trong tư thế khêu gợi, nhưng không bao giờ đạt đến mức hentai[2]. Điều này không giống như các tựa game trước như CLANNAD hay planetarian ~Chiisana Hoshi no Yume~, vốn cũng được xếp loại dành cho mọi lứa tuổi nhưng không có bất kỳ hình ảnh khêu gợi hay dành cho người hâm mộ nào[3][4]. Các chi tiết dành cho người lớn chỉ được thêm vào ở phiên bản thứ ba là Little Busters! Ecstasy, trong đó thể hiện nhiều cảnh quan hệ tình dục giữa nhân vật Riki và một trong chín nhân vật nữ chính[5]. Các kịch bản mới được thêm vào cho hai nhân vật là Futaki Kanata và Sasasegawa Sasami, vốn là hai nhân vật phụ trong phiên bản đầu. Ngoài ra, một nhân vật nữ mới là Tokido Saya trở thành cốt truyện trọng tâm trong Ecstasy. Cốt truyện của nhân vật mới này không thể chọn được nếu visual novel chỉ mới được chơi lần đầu tiên.[5]